Brecko, J.,  Pollet, Y.,  Henrard, A.,  Laebens, T.,  Mathys, A.,  Dekoninck, W.,  Pauwels, OSG.,  Jordaens, K.,  De Meyer, M.,  Vandenspiegel, D. & Semal, P. 2026. ‘Le focus stacking en un clin d'oeil : accélérer la numérisation 2D+ des collections d'histoire naturelle’. Conférence Internationale Francophone d’Entomologie, CIFE XI – L’entomologie face à la globalisation et à l’approche une seule santé. Book of abstracts. Liège.

Résumé de colloque

Le focus stacking en un clin d’œil: accélérer la numérisation 2D+ des collections d’histoire naturelle. P. 114 in: Conférence Internationale Francophone d’Entomologie, CIFE XI – L’entomologie face à la globalisation et à l’approche une seule santé. Livre des Résumés. Liège, 6-9 July. 137 pp. Une décennie après avoir présenté une méthode de numérisation 2D+ "low cost" des spécimens d'histoire naturelle par "focus stacking", cette technique est aujourd'hui utilisée de manière courante pour documenter les caractéristiques morphologiques des petits spécimens, en particulier en entomologie et dans les autres collections d'invertébrés. La principale limitation reste le temps nécessaire pour l'acquisition des images et la reconstruction des vues à profondeur de champs étendue qui peut atteindre plusieurs minutes pour une acquisition-reconstruction. Cette étude réexamine et améliore considérablement le protocole de travail initial en identifiant les principaux goulots d'étranglement du flux de travail, notamment la stabilisation de l'appareil photo, l'éclairage du spécimen, le déplacement de la caméra et le traitement des images. Elle propose un nouveau protocole de numérisation qui tire parti des caméras hybrides sans miroir, en combinant des fonctions intégrées telles que le mode "focus bracketing" avec un déplacement continu sur le rail de la caméra équipée d'objectifs à focale fixe et mise au point manuelle, d'un éclairage par dôme LED et d'un logiciel de "focus stacking" utilisant l'accélération matérielle du GPU. Le nouveau protocole permet de réduire le temps de numérisation jusqu'à 100 fois-passant de plusieurs minutes à quelques secondes par image finale-sans compromettre la qualité de celle-ci. Nous évaluons également l'intégration dans le protocole d'outils de suppression d'arrière-plan basés sur l'IA et d'outils de visualisation et de mesures avancées telles que Stackoptica et Depthoptica qui permettent des mesures pseudo-3D à partir d'images 2D+. Il en résulte un protocole de numérisation plus rapide, plus évolutif et plus précis qui ouvre la voie à une numérisation haute résolution et à haut débit des spécimens d'histoire naturelle.